Двете момчета, на които Колин Фарел е баща, идват от различни връзки. По-големият му син Джеймс поддържа по-спокойно съществуване, но обществеността е по-позната с по-малкия му син Хенри, който е роден през 2009 г. и се е появявал публично с актьора. В началото на живота на Джеймс той е диагностициран с необичайно заболяване.
На 12 септември 2003 г. канадският модел Ким Борденейв роди техния син, първото бащинство на Колин Фарел. Джеймс се роди, но Фарел снимаше Александър, така че той не присъства на раждането. Той често е заявявал, че да бъдеш родител е най-добрата работа, която някога е имал; следователно той не прикри радостта си.
Приятелството му с Ким очевидно беше напрегнато по това време, въпреки щастието му. Ким беше разстроена от липсата на внимание от страна на Колин в толкова важен момент и дори беше написала в блога си точно преди раждането на бебето, че възнамерява да отгледа детето независимо от Колин.
Но не след дълго се видя, че ще е необходима помощ. Първоначално Джеймс беше обявен за здрав при раждането, но по-късно лекарите откриха, че има синдром на Ангелман, рядко генетично заболяване, което уврежда неврологичното развитие. Когато синът му Джеймс беше на четири години през 2007 г., Колин оповести публично новината за заболяването си.
Фарел остава близък както със сина си, така и с Ким и играе важна роля в отглеждането на Джеймс. Той е бил свидетел на всяка важна повратна точка в живота на Джеймс. В интервюта за пресата актьорът е обсъждал развитието на сина си и е казал, че той и Ким „празнуват дори най-малките победи“ заедно.
Всички в дома проляха сълзи, когато Джеймс се научи да ходи на четиригодишна възраст, според Фарел. Той каза първата си дума на шест години, а когато навърши деветнадесет, вече можеше да се храни сам и дори да контролира припадъците си. Когато свърши да се храни, лицето му заприлича на картина на Джаксън Полок. Въпреки това, той се справя добре; той се храни добре.
Мисля, че той е наистина прекрасен, така че се гордея с него всеки ден“, каза Колин. Въпреки това Джеймс се нуждае от помощ с много ежедневни задължения, поради което Ким и Колин кандидатстваха за съвместно консерваторство точно преди Джеймс да навърши осемнадесет. Бившата двойка и до днес се грижи заедно за сина си. Колин стартира благотворителна организация през 2024 г., за да помогне на родители, чиито деца имат генетични аномалии. Целта на благотворителността е да подпомогне родителите на възрастни деца със специални нужди, които често се сблъскват сами с тези трудности.
